El Jardín Botánico Nacional “Dr. Rafael Ma. Moscoso” fue diseñado por el arquitecto dominicano Benjamín Paiewonsky y construido conjuntamente con el ingeniero Joaquín Ruiz. Su construcción fue iniciada en marzo de 1972 e inaugurado el 15 de agosto de 1976. La Ley 456 del 12 de octubre de 1976 le dio personería jurídica.
Fue bautizado con el nombre del Dr. Rafael Ma. Moscoso, mediante el Decreto 2271, emitido por el Presidente de la República Dominicana, Dr. Joaquín Balaguer, como homenaje póstumo al primer botánico dominicano en escribir un Catálogo de la Flora de la Isla La Española (Catalogus Florae Domingensis). Su emblema es la hoja del guanito Coccothrinax argentea, una de las más bellas palmas endémicas de la flora de la Isla Española.
Está localizado en el sector Altos de Galá, en terrenos antiguamente ocupados por el campo de entrenamiento militar conocido como “Material Bélico y Artillería” , en la parte noroeste de la ciudad de Santo Domingo, ocupando un área aproximada de 2 millones de metros cuadrados.
Como una forma de promover la defensa y el desarrollo de la flora nacional, que se veía amenazada por distintos factores, se instituye el Jardín Botánico Nacional mediante la Ley Núm. 456, de octubre de 1976, bautizado con el nombre de "Dr. Rafael Ma. Moscoso".
Mediante la Ley Núm. 921, el Jardín Botánico Nacional fue puesto bajo la administración y dirección de la sociedad sin fines de lucro Fundación Pro-Flora Dominicana, Inc., por un período de 10 años. Dicho contrato, fue renovado en el 1996 por otros 10 años, mediante el Decreto Núm. 206-96, el cual fue derogado por el Decreto Núm. 41-97 y el Jardín Botánico pasa a ser dirigido y administrado por un Director que designa el Poder Ejecutivo.
En el año 1997, mediante el Decreto Núm. 201, se integra al Jardín Botánico Nacional el Centro de Conservación de Plantas de la Isla Española, organismo creado en 1994 por el Decreto Núm. 273, con la finalidad de conservar, estudiar y manejar las plantas nativas y endémicas de la isla o en peligro de extinción y unificar los esfuerzos para el estudio y conservación de la flora nacional.
En el año 2000, con la creación de la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, el Jardín Botánico Nacional queda adscrito a ese organismo, manteniendo su autonomía administrativa y de dirección. Esta Ley también establece la creación de un Consejo Directivo, como órgano de control administrativo y financiero para el Jardín Botánico Nacional.